原本按林海丰的打算，有关天朝管理机构的重新设置，军民不分统吃圣库的奇怪现象，男女分馆，甚至于夫妻都不能一处同居等等有悖常理的弊端，均由他底下去说服杨秀清，而最终由杨秀清在朝会上提出来，逐一地加以解决。
不过，鉴于西征军事发展的要求，石达开必须要离开天京去安庆前线，于是，在六王齐全的朝会上，林海丰提议，为了方便管理，也同时便于人们的记忆，原有东王府的六个部，应当更改为八大部门：
财政部（管理钱粮人口）、吏治部（负责官员的任免）、农商部（管理农业和工商贸）、律政部（负责司法及案件审理）、教育部（管理学堂，开科取士）、监察部（负责官员的监督）、军械局（负责兵器制造）、医药部。
同时设立总理府，由杨秀清改任总理大臣，统管所有部门。而对于天朝所占据的州府，均应设置镇守使衙门负责防务，设立安抚使衙门及各级地方政权，负责地方事务。
一个多月来，林海丰可以说是把杨秀清的马屁拍到了及至，而且这种马屁还拍的技巧。他总是有意地去把一些好的想法说给杨秀清，通过杨秀清去落实。使杨秀清觉得，自从他们来到这里以后，非但自己的权力没有被削弱，反尔威信还颇有提高。
投桃报李，杨秀清自然各方面尽力关照他们，甚至希望他们能拥有更大的权力。现在也是一样，当林海丰把想法提出来的时候，他想了一想，立即表示同意，“这样不错，可是还缺少一个兵部啊？”
洪秀全他们当然也都看出了林海丰漏掉的东西。尤其是洪秀全，他微笑着看看林海丰，心里在想，一旦把兵权从杨秀清的手里分出来，朝中就有了真正可以相互抗衡的两种势力，对他来讲这是件大好事。任何一个帝王，都不会希望朝中平静的如一碗水，没有了派系间的争斗，江山也不会是牢靠的。一个真正的帝王，不在于他自己拥有多么大的本领和智慧，而是要会去平衡，平衡了才能发展。
“当前我们的任务有两个，”林海丰伸出两只手，他左手一握，“一手要抓天朝的经济发展，另一只手就是要抓军事。”
他又握紧右拳，略微停顿了一下，然后把两只手握在一起，看看其他五个人，“这两件事情都很重要，又要相辅相成，缺一不可。因此，为了尽量避免在以后的战略决策上出现重大失误，我建议专门设立‘统帅部’，负责军事指挥。”
杨秀清笑着点点头，“我还是那句话，就由海丰兄弟你来掌管军事指挥。”他去看过训练中的新军，还看过现在几乎要成了被服厂的所谓安王、宁王府。
“朕也同意，就由海丰主持统帅部。”洪秀全接着杨秀清的话立即表明自己的态度，生怕晚了会出现什么变故似的。
林海丰连忙站了起来，做了个团团揖，“诸位王兄可不要出小弟的洋相。还是那句话，小弟的确各方面都了解不多，担负不了这么重的担子。再说，小弟所说的这个‘统帅部’，那可不是一个人说了就算的。”
他看看大家好象疑惑的样子，笑了笑，“照以前的样子，东王做军事统帅，北王、翼王、宁王和我做助手。所有战略问题，经讨论决定后，由统帅部下达给各部。”他在这里耍了花招儿，那就是战略决策要不要报经天王照准？按照太平天国以前的制度，军政要务都是出自东王府，即便是重大人事任免，也只是上报天王走个形式而已。他这么提议，就是要把洪秀全继续排斥在决策层之外。
“你不会是想累死哥哥吧？”杨秀清无奈地摊着双手，“我近来可正考虑着把天朝军民不分的弊病怎么改正呢，单就这一件事情，做起来怕是就要麻烦到家了。再说，以后的新军会越建越多，我哪里还懂得了那么多的东西。海丰老弟，你就不要推辞了。”
“不错，四哥说的对，”韦昌辉不失时机地说，“海丰兄弟你就来主持，我们都来辅助你。”正职不会是自己的，能做副职介入到军事上层控制，这本身就是个收获。
“东王兄要是把军民分拆的事情处理好了，那咱天朝兴旺的时候就到了。”林海丰先捧了杨秀清一下，“要不就这样吧，军事由翼王来主持。翼王去统领西征大军期间，暂时还是由东王兄来牵头。”
意见一折中，杨秀清也就不好再说什么，事情就这么通过了。
林海丰重新坐下来，用征询的目光看着洪秀全，“天王，随着以后地盘的扩大，人员的增多，我觉得似乎该增设一个部门，专门负责清除奸细，维护地方治安。这个部门最好是直接对天王负责。”
洪秀全点了头，一指杨秀清，“清除奸细的事情以前清袍就做的很好，若不是当初在永安清袍安排侯谦芳破获清妖奸细，后果真是难以预料。朕看专门设立这样的部门，还是很有必要。清袍，你说呢？”
杨秀清呵呵地笑着，“今非惜比，和海丰他们一比，那可是小巫见大巫了。我还得派人去卧底，海丰他们只需要掐指一算，天京城的清妖余孽就俯首就擒了。我没意见，就由海丰老弟做这件事情吧。”
林海丰笑着点头，用眼睛瞟了郑南一下。
郑南会意地笑笑，瞅瞅洪秀全和杨秀清，“对于天京镇守使的人选小弟有个想法，也不知道合适不合适？”
“这有什么合适不合适的，快说说看？”杨秀清催促着。
“我觉得还是由洪宣娇出任天京镇守使比较合适。”郑南缓缓地说，“不久清军的江南大营就要化成泡影，天京将无战事。我们可以把女军扩大，省出更多的兵员补充到各个战场上去。”这其实是他和林海丰早就商量好的，就是为了平衡各方面的势力，叫洪秀全安心。
“不错的见解嘛，”杨秀清爽快地答应着，“宣娇妹子完全可以胜任。天王要是同意，就这么定了。咱们就是要有别于清妖，叫他们都看看，天朝的巾帼一样可以掌管御林军。”
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